לאחר שקבוצת פלסטינים עתרה לבג"ץ בטענה כי הם הבעלים של הקרקעות עליהם יושב היישוב, הגישו תושבי מצפה-כרמים עתירה לבית המשפט המחוזי בירושלים לבירור זהותם של בעלי הקרקע, אך בדיון שהתקיים בבג"ץ המדינה לא הגנה באופן חד משמעי על חוקיות היישוב שהועתק למקומו ביוזמתה.

חיים ימין, יו"ר מזכירות מצפה כרמים מברך על הסדרת עמונה ומוסיף "לאחר שתיק עמונה נפתר והתושבים קיבלו את המתווה אשר הוצע אתמול על ידי הממשלה, זאת לאחר חודשים ארוכים בהם היה נראה כי עתידם כלל אינו מובטח על ההר וחרף כל המכשולים וההגבלות, הצליחו היושבים בירושלים למצוא את הפתרון ליישוב ולהבטיח את עתידו. היום, אנחנו במצפה כרמים, שמהווים תיק פשוט וקל הרבה יותר מאשר חברתנו, עמונה, מצפים לקבל סיוע והסדרה ועתיד ליישובינו".

מצפה כרמים הוקם בשנת '99 על אדמות מדינה סמוך ליישוב כוכב השחר והועתק על ידי המדינה במסגרת הסכם המאחזים למיקומו הנוכחי. לפני כשש שנים הוגשה עתירה לבג"ץ בטענה לבעלות פרטית על החלקות, על אף שדין העתירה היה להידחות על הסף מכיוון שמדובר בתב"ע מאושרת משנת '82, העתירה התקבלה ולמעשה, הקהילה עומדת כבר מספר שנים בהתמודדות קשה מנשוא והתיק תלוי ועומד בבג"ץ במצב של צו ביניים המביא להקפאה דה פקטו של תכנית ההתפתחות הטבעית של הישוב.